Протокол ЭКО в естественном цикле выполняется без применения медикаментозных препаратов для стимуляции суперовуляции. Процедура экстракорпорального оплодотворения осуществляется после того, как доминантный фолликул дорастет до нужного предовуляторного размера. После этого репродуктолог делает пункцию яичников, яйцеклетку получают и оплодотворяют, эмбрион культивируют в эмбриологической лаборатории, а затем выполняют перенос в полость матки.
Балтийский институт репродуктологии человека проводит ЭКО в естественном цикле в Санкт-Петербурге на платной основе.